Научный центр гигиены и эпидемиологии им. Х.Жуматова был организован в 1998 г. в результате объединения двух НИИ: НИИ эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней (НИИЭМИБ) и НИИ гигиены и профпатологии (НИИГиПП). НИИЭМИБ был создан в 1925 г. (тогда он назывался Краевой Санитарно-эпидемиологический институт).

В 1972 года он получил название НИИЭМИБ. Он являлся первым научно-исследовательским институтом медицинского профиля, созданным в Казахстане. Основные направления деятельности института: изучение эпидемиологии, разработка мер профилактики, диагностики и лечения кишечных, детских инфекционных, а также вирусных, природноочаговых и паразитарных заболеваний; изучение проблем иммунологии и инфекционной аллергии, клиники, разработка новых и усовершенствование методов диагностики и лечения аллергических заболеваний.

После создания НЦГиЭ основными направлениями деятельности стали: эпидемиология вирусных и бактериальных инфекций, разработка новых методов диагностики инфекционных заболеваний, новых иммунопрепаратов (диагностических и лечебных), проблемы общей и сельской гигиены, гигиены детей и подростков, окружающей среды; разработка и изучение эффективности новых методов иммунокоррекции в лечении инфекционных и аллергических заболеваний.