26 октября 1964 года Совет Министров Республики принял постановление об открытии медицинского института в г.Целинограде. В 1997 году институт был реорганизован в академию, а с января 2009 года он достиг статуса Университета. На основании постановления Правительства Республики Казахстан Университет вошел в состав Национального медицинского холдинга. С июля 2010 года передан в подведомство Министерства здравоохранения Республики Казахстан. 

Следует отметить, что изменилось не только название и статус ВУЗа, но и увеличилось количество специальностей, внедрены кредитные технологии обучения и трехступенчатая система образования – бакалавриат, магистратура, докторантура, выросло количество студентов, ведется активная работа по внедрению инновационных технологий в образовательный процесс. Клиническими базами Университета являются крупнейшие национальные и республиканские центры - дочерние организации Национального медицинского холдинга. 

Университет по рейтингу в течение многих лет стабильно входит в число ведущих медицинских вузов Республики Казахстан. Академическими партнерами ВУЗа являются ведущие университеты США, Сингапура, Европы, России. 

Статус университета ставит перед нами новые задачи в медицинском образовании и науке, открывая широкие перспективы устойчивого и долгосрочного развития.