История Городского центра репродукции человека берет свое начало в 1987 году. На тот момент Центр находился в статусе консультативной поликлиники и носил название "Медико-социальная помощь семье". Данное медицинское учреждение было создано приказом Отдела здравоохранения исполкома Алматинского городского совета народных депутатов г. Алматы. С открытием поликлиники у пациентов появилась уникальная возможность пройти исследования на наличие наследственных заболеваний в медико-генетической консультации и получить квалифицированную консультативную помощь специалистов в отделении "Брак и семья".

С 1988 года поликлиника "Медико-социальная помощь семье" принимает непосредственное участие в организации обследования детей на фенилкетонурию (ФКУ); медико-генетического консультирования семей выявленных больных; выездных семинаров для главных врачей родильных домов и детских учреждений, старших акушерок и клинических лаборантов; питания больных с ФКУ. Это позволило поликлинике добиться положительных результатов в выявляемости заболеваний и в повышении профессионального уровня старшего и среднего медперсонала.

Таким образом, было положено начало организации Городского центра по проведению мониторинга массового скрининга новорожденных на фенилкетонурию в городе Алматы на базе консультативной поликлиники «Медико-социальная помощь семье».

В 1991 году приказом Управления здравоохранения г.Алматы поликлинике "Медико-социальная помощь семье" был передан стационар бывшей Городской больницы №3 на 100 коек.

Также в поликлинике была внедрена система пренатальной диспансеризации, создана комиссия для решения вопроса о прерывании беременности или передачи для дальнейшей пренатальной диспансеризации в женские консультации в каждом конкретном случае. Это позволило своевременно оказывать помощь новорожденным с диагностированными врожденными пороками развития в пренатальном периоде.

Поликлиника "Медико-социальная помощь семье" в 1993 году была переименована в «Городской центр репродукции человека» (ГЦРЧ), и с этого периода приказом начальника Управления здравоохранения г. Алматы центр взял на себя организационно-методическое руководство кабинетами планирования семьи города.

В 1995 году на базе ГЦРЧ была открыта лаборатория экстракорпорального оплодотворения. В 1996 году в Казахстане по программе ЭКО родился первый ребенок.

На сегодняшний день Городской центр репродукции человека является уникальным учреждением, в котором получают консультативную помощь и лечение пациенты с нарушением репродуктивной функции, дети и подростки с гинекологическими и урологическими проблемами. Кроме этого Центр оказывает медико-социальную помощь детям и подросткам.