В 1932 году по решению Партии и Советского Пра­вительства в Казахстане был создан научно-иссле­довательский туберкулез­ный институт, который стал руководящим центром по борьбе с туберкулезом в молодой Казахской республике и школой по подготовке кад­ров, организованный на базе Алма-Атинского туберкулезного диспансера в соответствии с решением Коллегии Наркомздрава КАССР от 9 марта 1932 года.

Центре имеются следующие подразделения:

- Приемно-консультационное отделение
В отделении проводится комплексное квалифицированное обследование и госпитализация на бесплатной основе пациентов, прибывших по направлению и на платной основетех, кто обратился самостоятельно.

- Отделение для лечения детей и подростков ТБ и МЛУ ТБ
Отделение является организационно-методическим центром по вопросам диагностики, лечения и профилактики туберкулеза среди детей и подростков. Наличие в структуре клиники средней школы позволяет сочетать процесс лечения с учебой.

- Отделения легочного туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью 

- Отделение для лечения больных туберкулезом легких 
Работа всех трех терапевтических отделений центра направлена на лечение больных с легочным туберкулезом с сохраненной чувствительностью, с множественной и широкой устойчивостью.

- Отделение хирургического лечения внелегочного туберкулеза с ТБ и МЛУ ТБ
Отделение является единственным в республике центром по оказанию специализированной хирургической помощи больным с внелегочными формами туберкулеза. 

- Отделение хирургического лечения легочного туберкулеза с ТБ и МЛУ ТБ 
Основным направлением научно-практической деятельности отделения является разработка новых подходов и методов хирургического лечения больных с распространенными и осложненными формами туберкулеза легких с множественной и широкой лекарственной устойчивостью.

- Отделение дифференциальной диагностики и лечения больных ТБ на 40 коек
В отделении получают лечение больные туберкулезом легких без бактериовыделения, и находятся больные, направляемые на дифференциальную диагностику.

- Отделение анестезиологии и реанимации
В настоящее время в отделение реанимации развернуто на 10 коек, из которых 6 хирургических и 4 терапевтических. В задачи отделения входит консультация и лечение тяжелых больных, анестезиологическое обеспечение торакальных операций, операций на опорно-двигательном аппарате, органах брюшной полости. В настоящее время в отделении широко применяется плазмаферез у больных туберкулезом с сопутствующими токсическими, лекарственными гепатитами, печеночной и почечной недостаточностью.

- Отделение лучевой, инструментальной, функциональной диагностики и лечения
Отделение диагностики объединяет целый ряд подразделений:

• рентгенологическое, включая компьютерную томографию, флюорографию и УЗИ;
• инструментальную и функциональную диагностику;
• физиотерапевтическое, где проводится обследование на рентгенологическом и компьютерно-томографическом оборудовании для осуществления широкого спектра исследований, включая рентгенофункциональные и рентгеноконтрастные, такие, как ангиография почек, спинно-мозгового канала, ангиопульмонография, бронхография и бронхоскопия, гистеросальпингография, цистопиелография.

Для проведения комплекса лечебно-диагностических мероприятий в отделении функционируют:

• Кабинет ингаляции
• Кабинет ЛОР 
• Кабинет эндоскопии
• Кабинет стоматолога
• Кабинет исследования функций внешнего дыхания
• Кабинет УЗИ и КТ диагностики
• Кабинет гинеколога
• Кабинет ЭКГ