Основными направлениями деятельности  Национального Научного Центра Хирургии им. А.Н. Сызганова, являются:

1. Сердечная хирургия, включающая:

2. Сосудистая  хирургия, включающая:
- хирургию артерий всех калибров
- хирургию венозной патологии
- эндоваскулярную хирургию
- лазерную деструкцию гемангиом

3. Реконструктивная и пластическая микрохирургия, в том числе пластическая  и эстетическая хирургия

4. Легочная хирургия, включающая:
- хирургию врожденных и приобретенных заболеваний легких и средостения
- заболевания и травмы плевры и дыхательных путей

5. Детская хирургия

6. Трансплантация органов и тканей

7. Общая плановая и экстренная  хирургия для взрослых и детей, включающая:
- хирургию пищевода и органов средостения
- хирургию печени, желчных путей и поджелудочной железы
- хирургию желудка и кишечника
- эндовидеохирургию
- хирургию эндокринных желез

8. Лечение заболеваний ЛОР-органов (хирургическое, эндоскопическое, консервативное)

9. Оперативная гинекология при воспалительных и опухолевых заболеваниях  малого таза и  женском бесплодии

10. Урология и андрология

11. Стоматология (терапевтическая и хирургическая)

12. Консультации ведущих специалистов по различным отраслям медицины, в том числе (нефрология, неврология, эндокринология, кардиология)

13. Функциональная и лучевая диагностика (эндоскопия, электрокардиография, эхокардиография, УЗИ всех органов и систем, включая сосуды, компьютерная и магнитно-резонансная томографии, спирография и др.)

14. Весь спектр клинико-лабораторных исследований (включая ИФА и ПЦР при гепатитах, онкозаболеваниях), бактериологические исследования

15. Морфологические исследования (биопсия с гистологией, цитология, электронная микроскопия).